但是跑了六天不想跑，公司让我交50%的违约金。

公司要求交50%违约金是否合法需依合同约定。根据《合同法》，违约金应遵循公平原则，过高可请求调整。若不及时处理，可能面临被起诉或承担不必要费用的风险。
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处理此类问题常见方式有协商、仲裁、诉讼。可先与公司协商降低违约金，协商不成则考虑向劳动仲裁部门申请仲裁，或直接向人民法院提起诉讼。
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可协商或诉讼。具体操作：1.尝试与公司协商，说明情况，争取减少违约金；2.若协商无果，收集合同等证据，向劳动仲裁部门提起仲裁；3.仲裁不满，可准备材料向人民法院提起诉讼，维护自身权益。